A fisioterapia pode ser aplicada a angiologia , respiratória, geriatria, ortopedia, traumatologia, neurologia, pediatria, neuropediatria, reumatologia.
Nas doenças reumáticas, a fisioterapia atua por meio de exercícios que ativam a circulação e desenvolvem a capacidade dos movimentos em pacientes acometidos por causa de dores nas articulações e coluna vertebral, a fisioterapia está indicada em pacientes com artrites, fibromialgia, artrite reumatóide.
Na ortopedia e traumatologia, o fisioterapeuta atua na investigação, prevenção e tratamento das doenças dos ossos, músculos, articulações e ligamentos.

Pode atuar em fraturas, entorses, luxações, lesões musculares, amputações e degenerações articulares(artrose), inclusive evitando que essas ocorram. Se for trabalhado de forma preventiva, em alguns casos, pode evitar a necessidade de realização de cirurgia